نحوه تدریس در حوزه با گذشت زمان تغییر کرده است. تا نمیه دوم قرن چهاردهم هجری دانش‏آموز وارد مکتب‏خانه می‏شد. و پس از آشنایی با حروف به فراگرفتن قرآن کریم می‏پرداخت و پس از آشنایی مختصری با مقدمات صرف و نحو و غیره به حوزه داخل می‏گردید. ولی بعد از افتتاح مدارس جدید و انقراض مکتب‏خانه‏ها دانش‏آموزان پس از تکمیل دوره اول یا دوم متوسطه به حوزه ملحق می‏گردند.

تاکنون چنین مرسوم و رایج بوده است که هر طلبه‏ای با ورود به حوزه علمیه در دوران تحصیل خود، مراحل مشخصی از سطوح علمی را پشت‏سر می‏گذاشت. ابتدا، این مراحل را به طور اجمال مد نظر قرار می‏دهیم، تا زمینه بحث از موضوع اصلی فراهم آید:

1.دروس مقدماتی 

2.سطح  

3.خارج 

4. دروس تخصصی

5. دروس جنبی

دروس مقدماتی:

در نظام فعلی حوزه علیمه قم، این مرحله شامل پایه‏های اوّل تا سوم است و هدف اصلی در این دوره، آموزش ادبیات عرب (صرف، نحو، معانی و بیان و...) و آشنایی با دروس پایه مثل منطق و فقه است که به طور معمول از کتاب‏های جامع المقدمات، سیوطی، مغنی و تلخیص‏های آن، المنطق و یا تلخیص المنطق و... استفاده می‏شود.

هدف‏های فرعی در این مرحله، بالا بردن اطلاعات عمومی مثل ادبیات فارسی و مستدل شدن و تثبیت عقاید در طلاب است.

دروس سطح

در نظام فعلی حوزه، این مرحله شامل پایه‏های چهارم تا دهم است. در این دوره اهداف زیر تعقیب می‏شود:

1 ـ بالا بردن قدرت فهم متون فقهی و اصولی؛

2 ـ آشنا شدن با روش‏های استنباط از آیات و احادیث؛

3 ـ خواندن یک دوره کامل فقه و اصول؛

4 ـ تعمیق عقاید و گسترش اطلاعات عمومی طلاب به وسیله دروس عمومی.

در این دوره به طور معمول در علم اصول کتاب‏هایی نظیر: معالم الأُصول یا اصول الإستنباط، اصول الفقه، رسائل، کفایة الأصول تدریس می‏شود.

در علم فقه، کتاب‏هایی نظیر شرح لمعه و مکاسب تدریس می‏شود.

این مرحله بین چهار تا هفت سال طول می‏کشد که زمان آن بستگی به استعداد و تلاش طلاب دارد.

مرحله درس خارج

این مرحله عالی‏ترین دوره دروس حوزوی محسوب می‏شود که با هدف مجتهد شدن طلاب در دو رشته فقه و اصول و توان استنباط احکام از منابع اصیل (کتاب، سنت، عقل، اجماع) برپا می‏شود و معمولاً متن درسی خاصی ندارد. ولی برای نظم بخشیدن به مطالب، مباحث براساس کفایة الاصول در اصول فقه و جواهر الکلام، تحریر الوسیله و عروة الوثقی در فقه طرح می‏شود و در حقیقت این دوره تحقیقاتی حوزه محسوب می‏شود.

در سال‏های اخیر، رشته‏های تخصّصی تفسیر و کلام و تبلیغ نیز در کنار فقه و اصول تشکیل شده است که متخصصان و محقّقانی در آن رشته‏ها تربیت می‏کنند.

از آنجا که رسیدن به قوه اجتهاد بستگی به استعداد و تلاش شخصی افراد دارد، لذا زمان این دوره برای افراد متفاوت است. ولی این دوره دست کم شش سال طول می‏کشد.

4) دروس تخصصی:

هدف از این دروس - که تحت عنوان رشته‏های تفسیر، کلام، تبلیغ و ... شروع شده است - پرورش متخصص، در رشته‏های خاص مورد نیاز حوزه و جامعه است. این کار پرارزش باعث می‏شود که شخص علاوه بر اجتهاد در فقه و اصول، در یکی از رشته‏های علوم اسلامی متبحر شود، تا بتواند منشا خدمات مفیدی در حوزه و جامعه شود; نه این که بعد از صرف مدت زمان طولانی برای تحصیل، به نتیجه مطلوبی نرسد

5) دروس جنبی یا عمومی:

در حوزه علمیه قم و در بعضی شهرستانها، همزمان با دوره مقدمات و سطح، درسهایی تحت عنوان عقاید، تفسیر، اقتصاد، ملل و نحل، علوم قرآن، اخلاق و ... تعلیم داده می‏شود که در رشد فکری طلاب و گسترش اطلاعات علمی آنها موثر است. این درس‏ها هر چند لازم است، ولی مرحله مستقلی در درس‏های حوزه محسوب نمی‏شود

شیوه‏های تدریس در درس‏های مقدمات و سطح

غالب اساتید در این دوره از یک الگوی تدریس پیروی می‏کنند که شش مرحله را در بردارد:

1 ـ مطالعه قبل از تدریس، که شامل مطالعه کتاب درسی و حواشی و شروح آن می‏شود.

2 ـ روخوانی درس با رعایت کامل قواعد ادبیات که گاهی قسمتی از آن به عهده شاگردان گذاشته می‏شود.

3 ـ بیان مطالب درس به صورت دسته‏بندی شده و به اصطلاح «خارج درس».

4 ـ تطبیق مطالب گفته شده با متن کتاب مورد تدریس به صورت جمله به جمله.

5 ـ بیان مطالبی خارج از کتاب (از حواشی و شروح یا نظریات خاص استاد) که در ضمن درس بیان می‏شود؛ ولی برخی اساتید برای جلوگیری از مشوش شدن ذهن طلاب، آن مطالب را در پایان درس ذکر می‏کنند.

6 ـ پاسخ گویی به سؤالات شاگردان در سه مرحله.

الف) قبل از شروع درس؛ ب) در حین درس؛ پ) بعد از درس.

بررسی: نقاط قوت و ضعف فراوانی برای این دو دوره گفته شده که به برخی از آن‏ها اشاره می‏کنیم.صرف و نحو زبان عربی، معانی و بیان و منطق است که هدف اصلی از این درس‏ها، تسلط طلاب به «زبان قرآن‏» می‏باشد و این مرحله در حکم کلید فهم معارف اسلام است; چرا که احادیث و سنت پیامبر اکرم و ائمه اطهار - صلوات الله علیهم - به همین زبان است. این دوره بین سه تا چهار سال به طول می‏انجامد.